索塔处岩堆、岩溶、裂隙和危岩体地质复杂。仅在吉首岸索塔基坑附近就发现大小溶洞18个，其中最大的溶洞体积近万立方米。

桥位区属亚热带季风湿润气候，峡谷多雾，冰冻期较长，直接影响测量和施工进度，严重影响主缆及钢桁梁架设。

主缆索架设难度大，精度高；钢桁梁架设创新性的采用轨索移梁方法；吉首岸索塔高度达129米，混凝土标号高，模板架设困难、质量要求高；两岸锚碇混凝土为大体积混凝土，发热量大，温控难度高等。

由于地形条件极为不利，施工场地狭小，桥跨向为高峡谷，两岸危岩，施工场地开挖、平整时间长、费用高，临时电力线路、施工便道修建难度大，占用工程关键工期长。

全部依靠陆路运输方式，土建工程运量大，频率高(仅钢材、水泥、砂石的材料运输总量就达30多万吨)；上部构造钢结构单件重，运输难度高(索鞍单件最大重量达84吨、主缆单盘索股重37吨，共有350股)，材料运输成本大。

索塔处存在岩堆、岩溶、裂隙和危岩体等不良地质现象。设计单位对“两岸边坡防护及不良地质处理”及“桥台工程及边坡开挖防护”进行了补充设计，不良地质处治和防护工程费用大大增加。

为了避开不良地质对桥塔、锚碇的影响，原批复主跨1146米单跨悬索桥优化为了主跨1176米单跨悬索桥。上部构造修改设计为《钢加劲梁》，单件吊装最大重量达120吨，不仅增加了上部钢结构的工程量，还增加了吊装施工难度。

针对山区钢桁梁架梁的难题，本项目提出并采用轨索滑移的方法，为世界首创，提高了架梁速度近十倍。

由于矮寨桥主梁长度为1000.5m，主跨为1176m，无梁区增加竖向锚固拉索，通过预应力岩锚将其锚固于岩石上。

岩锚吊索采用重量轻、耐腐蚀、抗拉强度更高的碳纤维预应力筋替代原设计的高强镀锌钢丝绳。

为了发展地方经济新增了观光通道和观景平台；

为了行车安全新增了冬季桥面除冰防冻设备；

为加强桥梁的稳定性和行车舒适性增加了大型桥梁阻尼器等。

矮寨大桥是“国内第一”的跨峡谷大跨径钢桁梁悬索桥，采用了世界首创的轨索滑移法架梁施工工艺，为加强质量控制，进行了大量的技术研究、专家咨询、第三方质量检测及施工监测(控)。如验证轨索滑移法可行性的足尺和缩尺模型试验，桥梁防冰、防雷、风洞试验等研究。

为确保大桥的抗风稳定性和安全性，湖南大学风工程试验中心做了系统的计算分析以及风洞试验研究。设计制作1:245的全桥气弹模型，全面检验了矮寨大桥的抗风性能，完全满足抗风设计要求。

鉴于山区风环境极其复杂，在桥址处建立了一种远程控制的新型的悬索吊挂式风环境观测系统，长期观测资料将充实和修正现有风环境研究结果。

大桥跨越209国道及319国道共线段的矮寨盘山公路及德夯旅游公路，其中矮寨盘山公路于大桥正下方来回穿叉3次共6道，公路靠近两侧悬崖桥台位置的水平距离短，且车流量大，导致施工安全措施费用大幅增加。如：公路上方增设防护棚、吉首岸危岩体处理及茶洞岸拼梁场地开挖控制爆破、山体稳定及爆破监测等。